本技术涉及生物基因检测技术,详细描述了一种长爪沙鼠SNP分子标记组合及其在生物基因检测中的创新应用。该组合包含219个SNP分子标记,旨在提高基因检测的准确性和效率。
背景技术
长爪沙鼠(Meriones unguiculatus)又称蒙古沙鼠,属于仓鼠科沙鼠属,外形略似松鼠,背毛棕灰色,腹毛灰白色;大小适中,介于大鼠和小鼠之间。野生长爪沙鼠主要分布在我国东北辽宁、西北内蒙古宁夏等半干旱地区。实验用沙鼠种群都源自中国,分别由大连医科大学、首都医科大学、浙江省实验动物中心先后捕获、驯化和繁殖饲养,并进行了实验动物化和种群培育等研究工作。1935和1954年传入日本和美国进行驯养,目前在世界各地均有分布。长爪沙鼠是我国特色实验动物,在医学生物学研究中具有非常重要的价值,在Willis环(CoW)变异和脑缺血、幽门螺杆菌相关的胃病方面已有研究,也已建立沙鼠中风模型、沙鼠可遗传的自发性糖尿病模型等。长爪沙鼠对多种微生物(布氏杆菌、汉坦病毒等)和寄生虫如丝虫、蛔虫等敏感。长爪沙鼠被认为是最合适研究李氏杆菌病的小动物模型,因为李斯特氏菌在长爪沙鼠体内的入侵途径与人体内的入侵途径相同。长爪沙鼠是目前发现的唯一能单独长期感染幽门螺杆菌(Helicoptor peri,HP)会引起胃炎和胃癌的啮齿类动物,其感染HP后的免疫病理变化包括胃酸过少、肠道菌群变化等,特征与人的非常相似。长爪沙鼠具有很多独特的行为学特点,例如一夫一妻制的长爪沙鼠表现出高水平的父爱行为,是研究激素对父爱行为调节的理想模型。新生长爪沙鼠反复与其母亲和同胞分离,对其行为学的影响,会产生近似于人类抑郁情感的一些特征。另外,长爪沙鼠是研究抗抑郁NK(Neurokinin)receptor和SP(物质P)通路相关药物的理想模型。与大鼠相比,长爪沙鼠表现出更多的焦虑样行为,更多的主动探索行为和对疼痛的敏感性,也具有更多的社交行为,这使得长爪沙鼠对这些测试更敏感。
遗传监测是检测实验动物基因多样性和遗传背景一致性的方法之一,可以发现潜在的遗传突变和基因污染。遗憾的是,长爪沙鼠的遗传质量检测方法在国内外均属非常匮乏的状态。目前,国内对长爪沙鼠的遗传监测主要集中在生化基因位点检测、微卫星标记等,国际上也尚无适用于长爪沙鼠的遗传质量检测方法。然而,生化标记分析方法检测的覆盖面小,检出率低,而且结果判定难度大,早已被发达国家所淘汰;微卫星方法突变率和错检率较高,也不能实现高通量化,检测效率较低。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism、SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸(A,T,C和G)的变异所引起的DNA序列多态性。作为第三代遗传标记,单核苷酸多态性检测技术具备准确、省时和适于自动化等优点,正在被广泛用于实验动物遗传评价。现有的GB14923-2022《实验动物遗传质量控制》标准修定于2022年,标准中推荐了35个适用于近交系小鼠的SNP标记基因,但没有明确适用于长爪沙鼠的SNP遗传质量检测方法和标准检测体系。
因此,亟需构建国际先进的适用于长爪沙鼠的SNP遗传质量检测方法和标准技术体系,这不仅可以填补国内外相关标准的空白,对提升长爪沙鼠群体遗传检测技术水平,保证长爪沙鼠种群质量具有重要意义。
实现思路