本技术介绍了一种新型PROTAC药物,旨在通过不稳定氨基酸诱导EGFR和ALK蛋白降解,应用于生物医药领域。该化合物具有独特的分子结构,包含单一氨基酸单元,旨在提高癌症治疗的疗效和选择性。
背景技术
2001年Raymond.Deshaies和Craig.Crews等人提出了PROTAC这个概念,并成功地设计合成了第一批多肽PROTAC用于降解甲硫氨酰氨肽酶2(MetAP-2)。到了2019年,行业先驱Crews教授开发的ARV-110,以全球首个PROTAC药物的身份正式进入临床试验阶段,蛋白降解靶向嵌合体PROTAC(Proteolysis targeting chimeria)越来越受到关注。
PROTAC由三部分组成:一个与E3连接酶结合的配体,用于引导蛋白降解;一个与靶蛋白结合的配体,用于引导小分子的靶向定位;以及一个负责嵌合两个配体的连接子。PROTAC分子进入细胞后,其结构中的目标蛋白(Protein of Interest,POI)配体可特异性地与相应的靶蛋白结合,而另一端可以募集E3连接酶从而形成POI-Linker-E3 ligase三元复合物,其中E3连接酶可介导-POI的多泛素化,被泛素标记的POI被蛋白酶体识别并降解。PROTAC化合物是基于泛素-蛋白酶体系统引起的蛋白质降解的技术,技术原理如附图1所示。
理论上PROTAC是事件驱动的药理作用模式,此过程无需靶蛋白配体长时间占据结合位点,只需三元复合物短暂的形成便可瞬时完成目标蛋白的泛素化,并且PROTAC分子在细胞内可多次循环利用,因此,与传统的小分子抑制剂和大分子抗体相比,PROTAC具有明显的优势,有望将那些难以成药的蛋白靶向成药,并且可能具备用量小、毒性低、不依赖于亲和力、可选择性高、克服靶蛋白突变/过表达引起的耐药等优点。
随着对PROTAC技术研究的不断深入,根据Linker构成的不同,可分为烷基链和PEG链,也有使用刚性更强的炔基双哌啶环、含氮原子的螺环或桥环等作为Linker,以限制PROTAC分子的柔性和自由度。常用的Linker长度一般在4-15个碳原子(或杂原子)。研究者发现Linker结构本身的长度和分子层面的结构对PROTAC药物的活性有着非常重要的影响,此外根据作用靶点的不同,Linker的长短对降解活性的影响也不同。但目前还没有Linker结构设计的通行的规则。此外,Click chemistry(点击化学)由于反应条件较温和、效率较高,常常被应用到PROTAC分子的Linker当中,用于连接两端的分子。
目前文献报道的应用到PROTAC中的E3连接酶主要有CRBN、VHL、cIAP和MDM2。效果较好、使用频次最高的E3连接酶主要是CRBN(60.1%)和VHL(30.1%)两种。其中,CRBN的配体主要是来那度胺、泊马度胺及其类似物,VHL的配体主要是VHL-L。在PROTAC研发过程中,耶鲁大学的Craig Crews博士率先取得关键性突破。他们设计的PROTAC小分子一端可以识别雌激素受体,另一端和泛素连接酶VHL作用,从而导致雌激素受体的泛素化而被降解,进而阻止乳腺肿瘤生长。同期,哈佛医学院的Bradner小组也设计了一个PROTAC化合物,利用CRBN泛素连接酶来降解在癌症上有重要作用的转录因子BRD4。这两项研究都在小鼠模型中成功的抑制肿瘤,克服了蛋白质敲低方法用于治疗的一个主要障碍。自此PROTAC作为一项新兴技术得到生物医学界和工业界的广泛关注,尤其Arvinas公司最近有两个PROTAC化合物展现很好的II期临床效果。与传统小分子抑制剂的“占位驱动”模式抑制蛋白的功能不同,PROTAC采用的是“事件驱动”的药理学作用模式,意味着只需要催化量的药物,就可以降解细胞内靶标蛋白,为难成药靶点抑制剂的发现提供了崭新的途径。
虽然PROTAC技术近年来取得了很大进展,但仍存在一些问题:(1)PROTAC药物分子量较大,难以穿透细胞膜;(2)连接子的长度以及结合位置都会影响到PROTAC的降解能力;(3)作为PROTAC组成部分之一,E3泛素连接酶起着至关重要的作用。虽然E3连接酶是一个庞大的蛋白质家族,已发现600多种E3连接酶能在人体细胞中发挥作用,但目前能真正用于PROTAC设计的E3连接酶配体只有VHL、CRBN、IAPs、MDM2几种。可用E3连接酶及配体的缺乏,限制了PROTAC技术的发展。(4)目前为止VHL、CRBN、IAPs、MDM2虽然被用于PROTAC上,但它们都缺乏对靶蛋白降解速度调控,因为蛋白过快或过慢的降解在某些情况下可能是有害的;(5)另外在PROTAC中最常用的两个泛素链接酶VHL和CRBN也有些缺陷,比如它们在有些细胞中活性低,可能不容易用于肿瘤治疗,如血癌,脑癌,肺癌和肾癌。因此如何使PROTAC更普遍地适用仍然是一个关键而紧迫的问题。
表皮生长因子受体(EGFR)属于ErbB家族,是一种跨膜受体酪氨酸激酶(RTK),它在细胞增殖、分化和运动中发挥关键作用。EGFR和其它ErbB家族成员的同二聚或异二聚化激活细胞质酪氨酸激酶结构域,从而起始细胞内信号传导。EGFR的过表达或激活突变与许多类型癌症的显现有关,例如胰腺癌、乳腺癌、多形性胶质母细胞瘤、头颈癌和非小细胞肺癌。已经确定EGFR酪氨酸激酶结构域中的激活突变是NSCLC的致癌驱动因子。EGFR突变是NSCLC中常见的驱动基因突变,不同的EGFR突变对不同的EGFR-酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)具有不同的敏感性。第一代EGFR抑制剂主要有Gefitinib和Erlotinib其能够有效抑制EGFR(Del19)和EGFR(L858R)突变体,但第一代抑制剂在用药一年后往往会产生EGFR(T790M)的耐药突变,从而降低和抑制剂的结合;第二代EGFR抑制剂主要有Afatinib和Dacomitinib其不仅能够抑制EGFR(Del19)和EGFR(L858R)突变体,也能抑制EGFG(T790M)突变体,但由于其对野生型EGFR(WT)没有选择性,往往具有较大的副作用;第三代抑制剂主要有奥希替尼(Olmutinib),奥希替尼则解决了第二代抑制剂的问题,即不影响EGFR(WT),并抑制EGFR(Del19)、EGFR(L858R)和EGFG(T790M)突变体,但随着用药时间的延长,会产生EGFR(C797S)的耐药突变。因此,临床上亟需要研发出可以克服EGFR突变的非小细胞肺癌(NSCLC)耐药的新型靶向药物。
间变性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase,ALK)是一种受体型酪氨酸激酶,由胞外结构域、单通道跨膜结构域和胞内激酶结构域组成。ALK的胞外结构域包括两个甲基多巴-A5蛋白-受体型蛋白酪氨酸磷酸酶(MAM)结构域、一个低密度脂蛋白(LDLa)结构域和一个富含甘氨酸的胞外结构域(G-rich);一个单一的跨膜(TM)域位于细胞外和细胞内部分之间;以及细胞内的酪氨酸激酶(PTK)结构域。FAM150是ALK的配体,当配体与胞外结构域结合时,受体蛋白-酪氨酸激酶通过诱导受体二聚或寡聚而被激活。配体和二聚体诱导ALK活化的可能机制涉及近膜酪氨酸残基的一个或多个磷酸化(Tyr 1078、1092、1096和1131),然后依次进行连续磷酸化,直到形成ALK的活性形式。
ALK基因的融合与重排是导致多种癌症的重要原因,包括非小细胞肺癌(NSCLC)和间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)。非小细胞肺腺癌中ALK融合突变阳性的比例为3-5%,中国的比例约5.3%,在非小细胞肺腺癌、年轻患者(小于60岁)以及不吸烟的人群中发生率较高,ALK融合是既EGFR突变之后的第二大NSCLC分子亚型,相对应的靶向药物与EGFR分子亚型完全不同。ALK可与多种配对基因发生融合重排,从而导致其组成型激活,最常见融合发生在棘皮动物微管相关类蛋白4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)。迄今为止,多款ALK-TKIs已获得批准用于治疗ALK阳性的NSCLC患者,包括第一代ALK-TKI克唑替尼,第二代ALK-TKIs塞瑞替尼、阿来替尼、布格替尼和恩莎替尼等,以及第三代ALK-TKI洛拉替尼。但遗憾的是,接受ALK-TKIs治疗的患者均会出现耐药而导致疾病进展。因此,研发克服ALK阳性非小细胞肺癌(NSCLC)耐药的新型靶向药物具有重大意义。
研究发现当Gly或Pro位于蛋白的N端,会使得蛋白变得不稳定,分别能够被E3连接酶ZYG11B/ZER1,或GID4通过泛素蛋白酶体系统降解。
实现思路